Como devo lidar com "pacote 'xxx' não está disponível (para R versão x.y.z)" aviso?

1. Você não pode soletrar

A primeira coisa a testar é você digitou o nome do pacote corretamente? Os nomes dos pacotes diferenciam maiúsculas e minúsculas em R.

2. Você não procurou no repositório correto

Em seguida, você deve verificar se o pacote está disponível. Tipo

setRepositories()

Veja também ? SetRepositories .

Para ver quais repositórios R procurarão pelo seu pacote e, opcionalmente, selecione alguns adicionais. No mínimo, você normalmente desejará que CRAN seja selecionado, e CRAN (extras) se você usar o Windows, e os repositórios Bioc* se você fizer algum [gen/prote/metabol/transcript] omics análises biológicas.

Para alterar isso permanentemente, adicione uma linha como setRepositories(ind = c(1:6, 8)) ao seu arquivo Rprofile.site .

3. O pacote não está nos repositórios selecionados

Retornar todos os pacotes disponíveis usando

ap <- available.packages()

Veja também Nomes dos pacotes disponíveis do R , ? Available.packages .

Como esta é uma matriz grande, você pode querer usar o visualizador de dados para examiná-la. Como alternativa, você pode verificar rapidamente se o pacote está disponível testando os nomes das linhas.

View(ap)
"foobarbaz" %in% rownames(ap)

Alternativamente, a lista de pacotes disponíveis pode ser vista em um navegador para CRAN , CRAN (extras) , Biocondutor , R-forge , RForge e github .

Outra possível mensagem de aviso que você pode receber ao interagir com os espelhos do CRAN é:

Warning: unable to access index for repository

O que pode indicar que o repositório CRAN selecionado está atualmente indisponível. Você pode selecionar um espelho diferente com chooseCRANmirror() e tentar a instalação novamente.

Existem várias razões pelas quais um pacote pode não estar disponível.

4. Você não quer um pacote

Talvez você não queira realmente um pacote. É comum ficar confuso sobre a diferença entre um pacote e uma biblioteca , ou um pacote e um conjunto de dados.

Uma embalagem é uma coleção padronizada de material que se estende R, e. fornecendo código, dados ou documentação. Uma biblioteca é um lugar (diretório) onde R sabe encontrar pacotes que pode usar

Para ver conjuntos de dados disponíveis, digite

data()

5. R ou Bioconductor estão desatualizados

Pode ter uma dependência em uma versão mais recente do R (ou um dos pacotes que importa/depende). Olhe para a

ap["foobarbaz", "Depends"]

e considere atualizar sua instalação R para a versão atual. No Windows, isso é mais facilmente feito através do pacote installr .

library(installr)
updateR()

(Claro, você pode precisar install.packages("installr") primeiro.)

Equivalente para pacotes Bioconductor, você pode precisar atualizar sua instalação Bioconductor.

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("BiocUpgrade")

6. O pacote está desatualizado

Pode ter sido arquivado (se não é mais mantido e não passa mais R CMD check testes).

Nesse caso, você pode carregar uma versão antiga do pacote usando install_version()

library(remotes)
install_version("foobarbaz", "0.1.2")

Uma alternativa é instalar a partir do espelho do CRAN do github.

library(remotes)
install_github("cran/foobarbaz")

7. Não há binário do Windows/OS X/Linux

Pode não ter um binário do Windows devido à necessidade de software adicional que o CRAN não possui. Além disso, alguns pacotes estão disponíveis apenas através das fontes para algumas ou todas as plataformas. Neste caso, pode haver uma versão no repositório CRAN (extras) (ver setRepositories acima).

Se o pacote exigir a compilação de código (por exemplo, C, C++, FORTRAN), em seguida, instalar o Windows Rtools ou no OS X, instale o ferramentas de desenvolvedor acompanhando XCode e instale a versão de origem do pacote via:

install.packages("foobarbaz", type = "source")

# Or equivalently, for Bioconductor packages:
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("foobarbaz", type = "source")

No CRAN, você pode dizer se precisará de ferramentas especiais para construir o pacote a partir da fonte, observando o sinalizador NeedsCompilation na descrição.

8. O pacote está no github/Bitbucket/Gitorious

Pode ter um repositório no Github/Bitbucket/Gitorious. Esses pacotes exigem o pacote remotes para instalação.

library(remotes)
install_github("packageauthor/foobarbaz")
install_bitbucket("packageauthor/foobarbaz")
install_gitorious("packageauthor/foobarbaz")

(Tal como acontece com installr, você pode precisar install.packages("remotes") primeiro.)

9. Não há versão de origem do pacote

Embora a versão binária do seu pacote esteja disponível, a versão de origem não é. Você pode desativar essa verificação definindo

options(install.packages.check.source = "no")

como descrito em this SO resposta por imanuelc e a seção Details de ?install.packages .

10. O pacote está em um repositório não padrão

Seu pacote está em um repositório não padrão (por exemplo, Rbbg ). Assumindo que é razoavelmente compatível com os padrões CRAN, você ainda pode baixá-lo usando install.packages; você só precisa especificar o URL do repositório.

install.packages("Rbbg", repos = "http://r.findata.org")

RHIPE por outro lado, não está em um repositório do tipo CRAN e tem seu próprio instruções de instalação .